從此之后，兩國的軍事關系幾乎是空白。由於菲律賓軍費的三分之二來自美軍租用其軍事基地的租金，美軍撤退后菲律賓並沒有足夠的能力建立軍隊，來應對“新人民軍”、摩洛伊斯蘭解放陣線等叛軍。

菲律賓海軍陸戰隊員和登陸艦。

　　流傳在菲律賓政界的一個說法是：“我們的空軍隻有空氣沒有軍隊，我們的海岸警衛隊隻有海岸沒有警衛。”

　　上世紀90年代中期，當菲律賓宣稱中國“佔領”美濟礁時，同時籌備啟動了為期15年投資超過128億美元的軍事現代化建設。

　　1996年底，菲律賓國會通過了第一階段超過10億美元的軍隊現代化預算，其資金主要通過出售軍隊土地籌措。

　　然而，在這項建設真正開始實施的1998年，亞洲金融危機爆發。第一階段撥款的近80億菲律賓比索，從3億多美元貶值到不足2億美元。同時地產業也遭受嚴重挫折，土地價格一落千丈。

　　“亞洲金融危機打破了菲律賓第一次真正的軍事發展計劃，每晚一天向外國軍工商撥款，菲律賓軍隊就失去一架新型戰車。事實上，這些計劃早在80年代就制定出來，一直到美軍撤退才覺得有必要實施。”柯克在回復本刊的電子郵件採訪時說，在此背景下，菲律賓再次開始謀求外部軍事保護。