从此之后，两国的军事关系几乎是空白。由于菲律宾军费的三分之二来自美军租用其军事基地的租金，美军撤退后菲律宾并没有足够的能力建立军队，来应对“新人民军”、摩洛伊斯兰解放阵线等叛军。

菲律宾海军陆战队员和登陆舰。

　　流传在菲律宾政界的一个说法是：“我们的空军只有空气没有军队，我们的海岸警卫队只有海岸没有警卫。”

　　上世纪90年代中期，当菲律宾宣称中国“占领”美济礁时，同时筹备启动了为期15年投资超过128亿美元的军事现代化建设。

　　1996年底，菲律宾国会通过了第一阶段超过10亿美元的军队现代化预算，其资金主要通过出售军队土地筹措。

　　然而，在这项建设真正开始实施的1998年，亚洲金融危机爆发。第一阶段拨款的近80亿菲律宾比索，从3亿多美元贬值到不足2亿美元。同时地产业也遭受严重挫折，土地价格一落千丈。

　　“亚洲金融危机打破了菲律宾第一次真正的军事发展计划，每晚一天向外国军工商拨款，菲律宾军队就失去一架新型战车。事实上，这些计划早在80年代就制定出来，一直到美军撤退才觉得有必要实施。”柯克在回复本刊的电子邮件采访时说，在此背景下，菲律宾再次开始谋求外部军事保护。